W czasie okupacji sytuacja zgromadzenia różnicowała się w zależności od przynależności państwowej. Siostry podejmowały pracę w szpitalach dla żołnierzy, w tzw. „Reservelazarett”, rezygnując z dotychczasowej działalności wśród dzieci  i młodzieży. Kontynuowano także, ,ryzykując aresztowaniem po polskiej stronie zgromadzenia ze względu na okupacyjny zakaz, ambulatoryjną posługę wśród chorych i potrzebujących. Często po świecku, w całkowitej konspiracji siostry udzielały pierwszych medycznych konsultacji i wykonywały posługi pielęgnacyjne.

W czasie całej okupacji niemieckiej władze zarekwirowały na własne potrzeby kilkanaście domów, z niektórych eksmitując całą wspólnotę. Działania wojenne dotknęły zniszczeniem niektóre z filii prowincji. Zwłaszcza cofający się front niemiecki w 1945 roku spowodował największe zniszczenia i straty. Prowincje dotknęły również straty personalne.

 sM. Dąbrówka Augustyn